Die parasitären Zoonoseerreger Giardia lamblia und Cryptosporidium spp. sind einzellige Darmparasiten welche weltweit zu den häufigsten Erregern von Durchfallerkrankungen gehören und die durch ein großes Spektrum an gastrointestinalen Symptomen gekennzeichnet sind (s. u. sowie Lane and Lloyd 2002; Karanis et al 2007). Diese Erreger werden fäkal-oral durch den Kontakt mit erkrankten Personen oder Tieren übertragen, wobei das Wasser ein wesentlicher Übertragungsweg ist (Exner, Gornik 1997). Giardia und Cryptosporidium werden häufig in Oberflächengewässern und sporadisch auch in ungeschützten, von Fäkalkontaminationen beeinflussten Grundwässern nachgewiesen (Slifko et al. 2000; Bischoff, Feuerpfeil 2001). Das Infektionsschutzgesetz vom 1. Januar 2001 § 37 fordert: „Wasser für den menschlichen Gebrauch muss so beschaffen sein, dass durch seinen Genuss oder Gebrauch eine Schädigung der menschlichen Gesundheit, insbesondere durch Krankheitserreger, nicht zu besorgen ist“. Die Ergebnisse der damit verbundenen Meldepflicht nach § 7 verdeutlichen, dass insbesondere Giardiasis in Deutschland von Bedeutung ist. Mehrere Studien zeigen hohe Fallzahlen von Erkrankungen sowie hohe Giardia-Konzentrationen in Siedlungsabwässern (z. B. Exner, Gornik 2004). Auch Cryptosporidium spp. ist bei Starkregenereignissen mit spontan hohen Konzentrationen in Oberflächengewässern nachzuweisen (Kistemann et. al 2002).
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